反渗透膜分离过程的推动力是压力差，而这种压力是由高压泵来提供的，高压泵作为反渗透过程的关键设备，其性能的优劣将直接影响到反渗透脱盐过程运行的经济性。高压泵可根据反渗透装置的进水流量、膜组件要求的给水压力等参数进行选型（在确定给水水质并选定膜元件、膜组件的排列方式、回收率后，用RO设计软件可以方便地计算出需要的给水压力等数据。RO设计软件可从膜厂商处得到，也可从膜厂商的网站下载）。
目前主要可选用的高压泵有多级离心泵、容积式柱塞泵等，选用多级离心泵时，应在泵的出口管路上设置止回阀及电动慢开阀，前者可防止停机时被浓水回流冲击而损坏高压泵，后者可防止升压过快而造成膜组件的损坏，通常升压速度不宜超过0.07MPa/s；柱塞泵是依靠活塞的往复运动，将机械能以静压力的形式直接传给液体，由于活塞连杆按简谐运动方式变化.
故液体的体积流量会随时间作周期性起伏变化。柱塞泵一般流量较小且不均匀，扬程很高且与流量无关，效率较高而且扬程流量变化时，仍能保持高效。选用柱塞泵时，需要在泵出口处设置缓冲器以消除脉动压力对膜造成的伤害。